Nhằm tăng năng suất giải phóng tàu, bên cạnh việc liên tục đầu tư các trang thiết bị xếp dỡ hiện đại, cơ sở hạ tầng, nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin (Management Information System - MIS) và mở rộng diện tích bãi, Công ty Tân Cảng Sài Gòn còn thực hiện cải cách quản lý cảng theo mô hình Terminal tiên tiến. Sau hơn 1 tháng thí điểm thành công Terminal I, Công ty Tân Cảng Sài Gòn tiếp tục triển khai và đưa vào hoạt động các Terminal II & Terminal III từ ngày 01/11/2006. Theo mô hình quản lý tiên tiến này, các terminal sẽ trực tiếp và chủ động quản lý toàn bộ quy trình giải phóng tàu, các hoạt động xếp dỡ, từ các khâu lập kế hoạch giải phóng tàu, điều hành nhân sự và các phương tiện xếp dỡ cho đến việc lập kế hoạch bến bãi, giải quyết mọi vấn đề phát sinh trong khu vực mình quản lý, đồng thời đề xuất biện pháp, giải pháp trực tiếp cho Ban Giám đốc Công ty. Hiện mỗi terminal quản lý khu vực cầu cảng và bãi riêng biệt, cụ thể Terminal I quản lý cầu cảng B01 và B02, Terminal II quản lý cầu cảng B03 và B04, Terminal III quản lý cầu cảng B05 và B06. Với sự cải cách về phương thức quản lý trên, năng lực khai thác Cảng Cát Lái sẽ tăng đáng kể trong thời gian tới, đáp ứng được các mục tiêu: tăng năng suất giải phóng tàu, rút ngắn thời gian tàu nằm tại cảng, nâng cao chất lượng phục vụ khách hàng, góp phần đưa Cảng Cát Lái trở thành cảng container quốc tế hiện đại, đáp ứng được mọi nhu cầu ngày càng tăng của hãng tàu và khách hàng, góp phần vào sự phát triển kinh tế của khu vực phía Nam nói riêng và cả nước nói chung
