Một trong những ngành nghề kinh doanh mũi nhọn, mang lại hiệu quả kinh tế cao cho Tân Cảng Logistics là dịch vụ khai thác Depot. Trong thời gian qua, Tan Cang logistics đã và đang tập trung xây mới, sửa chữa, nâng cấp, chuyển đổi công năng hoạt động, quy hoạch lại các depot của mình để ngày càng đáp ứng được nhu cầu ngày càng cao của các hãng tàu và quý khách hàng.
Trước đây, Depot 9 với diện tích 5.4 ha, chuyên khai thác container rỗng, nay đã chuyển công năng sang khai thác container hàng IMDG và chính thức tiếp nhận container hàng xuất nhập khẩu vào các line từ T01 đến T06 kể từ ngày 22/10/2011. Depot 10 được xây mới hoàn toàn trên diện tích 8 ha (là phần diện tích mở rộng thêm của cảng Cát lái ) đã chính thức được đưa vào hoạt động từ ngày 12/9/2011 với khả năng chứa lên đến 7000-7500 Teus. Với dung lượng khai thác của 02 Depot này, Tan Cang logistics có đủ khả năng cung cấp tốt các nhu cầu về bãi chứa container cho các hãng tàu. Để việc khai thác depot đươc tập trung và hiệu quả hơn, Tan Cang logistics đang tiến hành chuyển giao container từ Depot 7,8 sang Depot 10. Với công tác quy hoạch này, Tan Cang logistics đã cho thấy hoạt động khai thác Depot tại khu vực cảng Cát Lái ngày càng chuyên nghiệp hơn với mục tiêu lâu dài của ban lãnh đạo công ty là tạo được sự gắn bó và thỏa thuận hợp tác bền vững với các hãng tàu.